بررسی جمعیت مؤثر، نامتعادلی پیوستگی و ساختار بلوک تکجوری در گاومیشهای نژاد آذربایجانی با استفاده از تراشههای متراکم نشانگری
نویسندگان
چکیده مقاله:
هدف از این پژوهش برآورد میزان نامتعادلی پیوستگی، تعیین ساختار بلوکهای تکجوری (هاپلوتیپی) و اندازۀ مؤثر جمعیت گاومیش آذربایجانی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP پراکنده در سراسر ژنگان (ژنوم) حاصل از تراشههای متراکمK 90 (SNPchip 90k) بود. حیوانهای مورد بررسی و ارزیابی 243 رأس گاومیش آذربایجانی پراکنده در استانهای گیلان، اردبیل، آذربایجان شرقی و آذربایجان غربی بود. پس از کنترل کیفیت دادههای نژادگانی (ژنوتیپی)، 62141 SNP برای تجزیهوتحلیل ساختار جمعیت، شناسایی ساختار تکجورها و اندازۀ مؤثر جمعیت استفاده شد. بیشترین میانگین نامتعادلی پیوستگی در کل جمعیت در فاصلۀ بین 5/2 کیلو جفت باز تا 5 کیلو جفت باز بین 25/0-29/0 و کمترین میانگین نامتعادلی پیوستگی (r2) در فاصلۀ 900-1000 کیلو جفت باز بین 014/0-012/0 بهدست آمد. مقدار r2 با افزایش فاصلۀ میان جفت SNPها کاهش زیادی نشان داد. در کل نمونههای تجزیهشده، 1693 بلوک مشاهده شد که 11 درصد کل SNPها درون بلوکهای تکجوری خوشهبندی شدند و 4/3±202 مگا جفت باز از کل ژنگان اتوزومی را پوشش میدهند.اندازۀ مؤثر جمعیت با استفاده از آمارۀ (r2) محاسبه شد. اندازۀ مؤثر جمعیت حدود دو نسل پیش نزدیک به 422 برآورد شد.
منابع مشابه
برآورد ضریب همخونی ژنومی و اندازه مؤثر جمعیت در گوسفندان زندی با استفاده از تراشه متراکم نشانگری
هدف از این تحقیق بررسی میزان همخونی و اندازه مؤثر جمعیت با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP موجود در سراسر ژنوم حاصل از تراشههای متراکم SNPChip 50K در 96 رأس گوسفند نژاد زندی بود. بدین منظور بعد از کنترل کیفیت دادههای حاصل از تعیین ژنوتیپ SNPها با استفاده از تراشه 50K، 40879 نشانگر SNPجهت محاسبه میزان همخونی و اندازه مؤثر جمعیت مورد استفاده قرار گرفت. اندازه مؤثر تعداد افراد در حال جفت-گیری ب...
متن کاملبررسی همگنی ساختار ژنتیکی در جمعیت گوسفند نژاد زندی با استفاده از دادههای ژنومی
دادههای ژنومی میتواند ما را به چگونگی شکلگیری نژادها و جمعیتها و روند تأثیرگذاری رخدادهای ژنتیکی هرچند کمیاب در گذر زمان رهنمون سازد. از موارد بسیار ارزشمند جهت حفظ ذخایر ژنتیکی که خود موضوعی پر اهمیت تلقی میگردد و همچنین بهبود برنامههای اصلاح نژادی، پیبردن به ساختار ژنتیکی جوامع مورد مطالعه است. جهت مطالعه ساختار ژنتیکی جمعیت گوسفند زندی واقع در ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد گوسفند زندی ته...
متن کاملآنالیز ساختار ژنتیکی جمعیت گاوهای بومی ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تک نوکلئوتیدی
این تحقیق با هدف بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی بر اساس استفاده از نشانگرهای چندشکل تکنوکلئوتیدی انجام شد. بدین منظور تعداد 90 راس گاو از نژادهای سرابی (20)، کردی (10)، مازندرانی (10)، تالشی (10)، سیستانی (10)، کرمانی (10)، نجدی (10) و توده بومی فارس (10) مورد نمونهبرداری قرار گرفتند. تعیین ژنوتیپ نمونهها با استفاده از چیپ Illumina High density Bovine BeadChip با تراکم 777962 جایگاه انجام ش...
متن کاملاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
متن کاملاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 49 شماره 2
صفحات 247- 255
تاریخ انتشار 2018-08-23
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023